ท่าเรือน้ำลึกสงขลาแห่งแรก เป็นท่าเรือหลักและเป็นท่าเรือระหว่างประเทศ ที่อยู่ทางด้ายชายฝั่งอ่าวไทยภาคใต้ตอนล่างก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 30 เมษายน 2531 และเปิดดำเนินการตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา
กระทั่งปี พ.ศ. 2540 กรมเจ้าท่าจึงได้ว่าจ้างบริษัทที่ปรึกษาดำเนินการศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อมและสำรวจออกแบบเพื่อขยายท่าเรือน้ำลึกสงขลา โดยผลการศึกษาแสดงว่า ควรขยายท่าเรือน้ำลึกสงขลาเพิ่มอีก 1 ท่า สำหรับรองรับเรือสินค้าตู้คอนเทนเนอร์ และเสนอให้ปรับปรุงพื้นที่หลังท่าเรือเดิม ให้รองรับสินค้าตู้คอนเทนเนอร์และสินค้าทั่วไปได้มากขึ้น ตลอดจนได้เสนอให้จัดระบบการกองตู้สินค้าใหม่พร้อมทั้งติดตั้งปั้นจั่นยกตู้สินค้าเพิ่มเติม ทั้งในส่วนหน้าท่าและในส่วนลานกองเก็บตู้สินค้า
เมื่อกรมเจ้าท่าได้นำเสนอรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อม โครงการขยายท่าเรือสงขลา ให้สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมพิจารณา กลับมีประเด็นปัญหาสำคัญที่ยังไม่ได้รับความเห็นชอบ เนื่องจากพื้นที่บริเวณท่าเรือน้ำลึกสงขลาแห่งแรก มีแนวคูเมืองเก่าและมีโบราณสถานใต้น้ำอยู่ใกล้เคียง ซึ่งถือเป็นเขตโบราณสถาน ที่ไม่สามารถก่อสร้างอาคารต่างๆ ได้สูงเกิน 6 เมตร และยังมีปัญหาเรื่องการอพยพโยกย้ายราษฎรในพื้นที่เวนคืนด้วย
ปี พ.ศ.2549 กรมเจ้าท่าได้ว่าจ้างที่ปรึกษา ดำเนินการศึกษาความเหมาะสมทางด้านเศรษฐกิจ วิศวกรรม และสิ่งแวดล้อม เพื่อก่อสร้างท่าเรือน้ำลึกชายฝั่งทะเลอ่าวไทยตอนล่าง สำหรับรองรับการขยายตัวของท่าเรือน้ำลึกสงขลา และเพิ่มขีดความสามารถของท่าเรือน้ำลึกบริเวณชายฝั่งทะเลอ่าวไทยตอนล่างของประเทศ ให้สามารถรองรับความต้องการในการขนส่งสินค้า เรือขนส่งสินค้าสามารถเข้าจอดเทียบท่าเพื่อขนส่งสินค้าได้อย่างสะดวก ปลอดภัย ประหยัดเวลา และสามารถเชื่อมโยงการขนส่งทั้งในประเทศและระหว่างประเทศทั้งชายฝั่งทะเลภาคตะวันออกจากท่าเรือแหลมฉบัง ชายฝั่งทะเลอ่าวไทย และชายฝั่งทะเลอันดามันที่มีท่าเรือปากบาราเป็นโครงข่าย
ผลการศึกษา เมื่อ พ.ศ. 2552 สรุปว่า… พื้นที่บริเวณตำบลนาทับ อำเภอจะนะ จังหวัดสงขลามีความเหมาะสมที่จะพัฒนาเป็นท่าเรือน้ำลึกสงขลา แห่งที่ 2
โครงการท่าเรือนํ้าลึกสงขลาแห่งที่ 2 นับเป็นการพัฒนาระบบการคมนาคมขนส่งทางเรือเพื่อเสริมสร้างศักยภาพด้านการแข่งขันและการพัฒนาระบบเศรษฐกิจของประเทศเนื่องจากประเทศไทย มีความได้เปรียบในการที่จะพัฒนาให้เป็นศูนย์กลางทางเศรษฐกิจที่สำคัญในระดับภูมิภาค
โดยท่าเรือนํ้าลึกสงขลาแห่งที่ 2 จัดให้เป็นท่าเรือหลักและเป็นท่าเรือระหว่างประเทศให้สามารถรองรับเรือขนาด 9,000-20,000 เดตเวตตัน สามารถรองรับตู้สินค้าคอนเทนเนอร์ได้ 1.4 แสนตู้ต่อปี จัดเป็นการพัฒนาท่าเรือนํ้าลึกชายฝั่งทะเลอ่าวไทยตอนล่างและเพิ่มขีดความสามารถของท่าเรือนํ้าลึกชายฝั่งทะเลอ่าวไทยตอนล่างของประเทศ ให้สามารถรองรับความต้องการในการขนส่งสินค้า เรือขนส่งสามารถจอดเทียบท่าได้อย่างรวดเร็ว ประหยัดเวลา สะดวก ปลอดภัยและยังเชื่อมโยงการขนส่งในประเทศและระหว่างประเทศ รวมถึงการเชื่อมโยงเส้นทางการขนส่งสินค้าไปยังกลุ่มประเทศคู่ค้าสำคัญ
ท่าเรือน้ำลึกสงขลาแห่งที่ 2 ก็เหมือนโครงการขนาดใหญ่ทั่วๆ ไปที่มักจะมี NGO และประชาชนจำนวนหนึ่งคัดค้านต่อต้าน… แต่โครงการก็เดินหน้าจนกลายเป็นจิ๊กซอว์ตัวใหญ่จากฝั่งอ่าวไทยของ SEC และ Landbridge ที่หลายฝ่ายเชื่อว่า
ที่นี่จะกลายเป็นโครงข่ายลอจิสติกส์หลักบนคาบสมุทรมาลายูทีเดียวครับ!